มูรีนโยเกิดเมื่อปี ค.ศ. 1963 ในครอบครัวของชนชั้นกลางขนาดใหญ่ในเมืองซึตูบัล (เขตชานเมืองของกรุงลิสบอนและปริมณฑล) ประเทศโปรตุเกส เขาเป็นลูกชายของฌูแซ มานูแอล โมรีญู แฟลิช (José Manuel Mourinho Félix) หรือรู้จักในชื่อว่า แฟลิช โมรีญู และมีมารดาชื่อมารีอา ฌูเลีย การาโฌลา ดุช ซังตุช (Maria Júlia Carrajola dos Santos)[13] พ่อของมูรีนโยเล่นฟุตบอลอาชีพให้กับสโมสรบึลึเน็งซึชและวีตอเรียดึซึตูบัล และติดฟุตบอลทีมชาติโปรตุเกสหนึ่งครั้ง ส่วนแม่เป็นครูโรงเรียนประถมและมีพื้นเพครอบครัวที่ร่ำรวย[14] โดยลุงของเธอเป็นผู้ลงทุนก่อสร้างสนามฟุตบอลวีตอเรียดึซึตูบัล แต่การล่มสลายของระบอบรัฐใหม่ของอังตอนีอู ดึ โอลีไวรา ซาลาซาร์ ในเดึนเมษายน ค.ศ. 1974 ทำให้ครอบครัวของเธอต้องสูญเสียสมบัติทั้งหมด เหลือไว้เพียงที่ดินผืนเดียวในเมืองปัลแมลา[15]

ฟุตบอลเป็นส่วนสำคัญของชีวิตของมูรีนโยตั้งแต่เด็ก ภาระผูกพันกับสโมสรฟุตบอลของแฟลิชหมายความว่าเขาจำต้องจากลูกชายเป็นประจำ เมื่อเป็นวัยรุ่น มูรีนโยมักเดินทางไปดูการแข่งขันของพ่อในช่วงวันหยุดสุดสัปดาห์ และเมื่อพ่อกลายเป็นผู้ฝึก มูรีนโยจึงได้มีโอกาสสังเกตวิธีการฝึกสอนและการดูลาดเลาทีมตรงข้าม[16] มูรีนโยต้องการที่จะเดินตามรอยเท้าพ่อด้วยการเข้าร่วมทีมเยาวชนของบึลึเน็งซึช ในระดับอาชีพเขาเล่นให้กับรีอูอาวึ (ซึ่งพ่อของเขาเป็นผู้ฝึก) บึลึเน็งซึช และเฌเด ซึซิงบรา แต่เขาขาดฝีเท้าและกำลังที่จำเป็นในการเป็นมืออาชีพ จึงเลือกที่จะเพ่งความสนใจในการเป็นผู้ฝึกทีมฟุตบอลแทน[14][17][18]

แม่ของมูรีนโยลงทะเบียนให้เขาเรียนโรงเรียนสอนธุรกิจ แต่มูรีนโยก็ลาออกตั้งแต่วันแรกที่เข้าเรียน โดยตัดสินใจว่าเขาต้องการมุ่งเน้นการเรียนในเรื่องของกีฬา จึงสมัครเข้าสถาบันการพลศึกษาขั้นสูง (Instituto Superior de Educação Física) ของมหาวิทยาลัยเทคนิคลิสบอนเพื่อศึกษาวิทยาศาสตร์การกีฬา[15] เขาสอนพลศึกษาในโรงเรียนต่าง ๆ และหลังจากห้าปีก็ได้รับประกาศนียบัตรโดยได้รับคะแนนดีอย่างสม่ำเสมอตลอดหลักสูตร[16] หลังจากที่เข้าร่วมหลักสูตรการเป็นผู้ฝึกที่จัดขึ้นโดยสมาคมฟุตบอลอังกฤษและสกอตแลนด์ แรงผลักดันและการใส่ใจในรายละเอียดของชายหนุ่มชาวโปรตุเกสคนนี้ก็ได้เตะตาแอนดี รอกซ์บะระ อดีตผู้จัดการฟุตบอลทีมชาติสกอตแลนด์[19] มูรีนโยพยายามที่จะนิยามบทบาทหน้าที่ของผู้ฝึกฟุตบอลขึ้นใหม่โดยผสมผสานทฤษฎีการฝึกกับเทคนิคทางจิตวิทยาและการสร้างแรงบันดาลใจเข้าด้วยกัน[14]